古代对真菌的入药应用有两种类型，一类是直接用于某一种真菌的子实体、菌核等入药，现称为药用真菌。始建于公元1世纪东汉《神农本草经》记述茯苓、灵芝、僵蚕等7种。至公元1500年左右明代《本草纲目》收载药用真菌包括木耳、马勃、香菇、蘑菇等约20种。清代又增加冬虫夏草与银耳，至20世纪60年代药用真菌总数为30种。另一类是经一种或多种真菌在各种基质上自然发酵形成各种曲、酱、酒等用以入药，共约有10种，可称为谓真菌药物。例如唐朝《药性论》记有“神曲”，梁代《名医别录》录有“酱”，均为真菌药物，距今都逾千年；清《纲目拾遗》记有“酒酿”也有近300年历史；但到了20世纪60年代，经历近两千年后，药用真菌（包括真菌药物）有名可查的也仅有40种左右，而且其中有些已失传。
 
    中药材总数将近1万种，其中植物药最多，约占80%以上，其次为动物药约占10%，矿物药最少，约在10%以内。传统上没有菌物药，而将数量极少的药用真菌归属于植物药内，其历史原因是对真菌的认识与鉴别比较困难所致。对真菌与植物之间区别的新认识还是20世纪的事情。
 
    药用真菌研究和应用在20世纪60年代以后得到了逐步的恢复和发展，尤其是真菌分类科学的长足发展，使得我们目前能够认识的药用真菌达到了数千种。